В соответствии с п.1 ч.2 ст. 220 НК РФ в Вашем случае имущественный налоговый вычет будет применяться к 1 000 000 рублей. Так как сумма, полученная при продаже, превышает 1 000 000 рублей, то Вы должны уплатить налог государству с разницы в 800 000 рублей. Поскольку доли две, то эта разница делится на двоих, в результате чего каждый собственник должен уплатить 13 % с 400 000 рублей.

Но так как ситуации могут быть различными, то каждый случай применения налоговой льготы можно рассматривать по-разному.